Etienne Capoue est né le 11 juillet 1988 à Niort dans les Deux-Sèvres.
Il évolue au centre de formation du Toulouse FC, après avoir passé 2 ans au SCO Angers, de 2003 à 2005. Il évolue au poste de milieu défensif.
Sa première apparition sur un terrain de Ligue 1 fut pour un TFC - Lille OSC lors de la 17e journée, le 8 décembre 2007. Il ne joua que 3 minutes en entrant à la 90e minute pour remplacer Achille Emana. Il fut titulaire pour la première fois la journée suivante contre le Paris SG au Parc des Princes (victoire 2-1 du TFC) et joua 71 minutes. Il dispute son premier match européen lorsque Toulouse reçoit le Spartak de Moscou le 19 décembre 2007 lors de la dernière journée de la phase de groupe de la Coupe UEFA.
Il signe son premier contrat professionnel le 7 février 2008 (prise d'effet à l'été 2008). Ses autres apparitions au cours de cette saison se limitèrent à des remplacements en fin de match.
Il faut attendre la saison 2008-2009 pour qu'il ait vraiment sa chance. Il est titulaire lors du premier match à Lyon. Surement intimidé par l'adversaire, sa prestation ne fut pas à la hauteur de ses qualités décelées par Alain Casanova. Il ne le remet sur la feuille de match qu'à la 3ième journée. Étienne se ressaisit et joua quasiment tous les matchs sur cette saison. Ses quelques absences sont dues aux matchs de suspension obtenus suite à 3 cartons jaunes obtenus en moins de 10 matchs. Au cours de la saison, il obtient 12 cartons jaunes. C'est le toulousain qui remporte le plus de cartons jaunes.
Ses bonnes prestations toulousaines l'amènent à connaître la sélection en équipe de France espoir. En effet, Erick Mombaerts l'appelle pour la première fois lors d'un match amical contre le Danemark le 19 novembre 2008 et le nomme capitaine à cette occasion. À ses côtés, il retrouve ses coéquipiers toulousains Moussa Sissoko et Cheikh M'Bengue.
Les statistiques sont à jour pour le 1er août 2009.
| Saison | Club | Championnat |
Coupes nat. |
Coupes d'Europe | |||||
| Div. | J. | B. | J. | B. | J. | B. | |||
| 2005-2006 | Toulouse FC | CFA | - | - | - | - | - | ||
| 2006-2007 | Toulouse FC | CFA | - | - | - | - | - | ||
| 2007-2008 | Toulouse FC | L1 | 5 | 0 | - | - | C3 | 1 | 0 |
| 2008-2009 | Toulouse FC | L1 | 32 | 1 | 4 | 0 | - | - | - |
| 2009-2010 | Toulouse FC | L1 | 11 | 0 | - | - | C3 | 5 | 0 |
